Das BVL ist für die Zulassung von Pflanzenschutzmitteln in Deutschland zuständig. In diesem Verfahren ist das BVL verantwortlich für das Risikomanagement, also für Zulassungsentscheidungen und administrative Maßnahmen zum Schutz von Mensch und Umwelt. Das BVL fungiert außerdem als nationale Koordinierungsstelle in den europäischen Gemeinschaftsverfahren zur Bewertung von Pflanzenschutzmittel-Wirkstoffen und zur Festlegung von Rückstandshöchstgehalten. Zudem listet es in Deutschland erlaubte Pflanzenstärkungsmittel und Zusatzstoffe.
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