Die Freisetzung gentechnisch veränderter Organismen (GVO) für wissenschaftliche Zwecke muss vom BVL genehmigt werden. Sollen GVO kommerziell angebaut werden, gibt das BVL im gemeinschaftlichen Genehmigungsverfahren der EU eine Stellungnahme ab. Ferner managt das BVL für Deutschland den internationalen Informationsaustausch über GVO im Biosafety Clearing House. Beim BVL befindet sich die Geschäftsstelle der Zentralen Kommission für die Biologische Sicherheit (ZKBS). Die ZKBS berät die Bundesregierung und die Bundesländer in sicherheitsrelevanten Fragen der Gentechnik.
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