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“Next generation sequencing as a tool for detailed molecular characterisation of genomic insertions and flanking regions in genetically modified plants: a pilot study using a rice event unauthorised in the EU”

Das BVL hat in einem Pilotprojekt die Möglichkeit geprüft, mittels neuester Sequenziertechnik (next-generation Sequenzierung, kurz NGS) die Erbinformation der gentechnischen Veränderungen einer Reislinie vollständig zu ermitteln. Durch den Abgleich der ermittelten Sequenzdaten mit der Genomsequenz einer unveränderten Reislinie konnte die gentechnische Veränderung bestimmt werden. Die Ergebnisse dieses Ansatzes wurden kürzlich in der Fachzeitschrift Food Analytical Methods veröffentlicht.

Hintergrund

In den letzten Jahren wurden in der EU Anteile gentechnisch veränderter Reislinien in Lebensmitteln oder Futtermitteln gefunden, die keine Zulassung nach der Verordnung (EG) Nr. 1829/2003 hatten. Nicht zugelassene aber bekannte gentechnisch veränderte Organismen (GVO) sind häufig mittels PCR-Methoden spezifisch nachweisbar und somit bei Lebensmittelkontrollen identifizierbar. Daneben werden aber auch GVO gefunden, deren gentechnische Veränderung nicht genau bekannt ist. Sowohl für die Entwicklung eines Nachweisverfahrens als auch für eine eventuell erforderliche Risikobewertung ist es von großem Interesse, im Bedarfsfall eine molekulare Charakterisierung solcher GVO durchführen zu können.

Bisher wurde häufig das so genannte „chromosome walking“ als Methode genutzt, um genauere Informationen über die vollständige gentechnische Veränderung eines GVO zu erhalten. Jedoch stößt diese Methodik an ihre Grenzen, wenn in dem GVO die neu kombinierte DNA-Sequenz an mehreren Stellen im Genom integriert oder während der Integration in das Genom umstrukturiert wurde.

In den letzten Jahren haben sich neue DNA-Entschlüsselungstechniken etabliert, die als next-generation Sequenzierung (NGS) bezeichnet werden. Sie bieten die Möglichkeit, das Erbgut eines Organismus in vergleichsweise kurzer Zeit vollständig zu bestimmen, so dass auch die molekulare Charakterisierung von Mehrfachintegrationen oder Umstrukturierungen einer gentechnischen Veränderung möglich sein sollte. In der vorliegenden Publikation zeigen die Autoren des Artikels in einer Pilotstudie am Beispiel der gentechnisch veränderten Reislinie LLRice62 eine Strategie, wie NGS genutzt werden kann, um die Erbinformation eines dem Untersuchungslabor nicht bekannten GVO zu entschlüsseln.

Im Zuge der Untersuchungen wurde eine neue bioinformatische Strategie entwickelt, um die vollständige DNA-Sequenz der gentechnischen Veränderung und ihres Integrationsorts im Genom zu bestimmen. Als Ergebnis der Pilotstudie konnte die gesamte Insertionssequenz der Reislinie LLRice62 vollständig und fehlerfrei ermittelt werden.

Ausgabejahr
2013
Erscheinungsdatum
28.10.2013

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