Jeder Untersuchung im Rahmen einer amtlichen Kontrolle geht die Probenahme voraus.  Dazu wird von dem zu untersuchenden Material, zum Beispiel einer Maislieferung, eine repräsentative Probe gezogen. Die Entnahme von Proben für die nachfolgende amtliche Untersuchung erfolgt durch amtliche Probenehmende im Auftrag der Überwachungseinrichtungen der Länder. Hierzu gibt es je nach zu beprobender Ware (z.B. Samen, Körner, Pflanzenmaterial) verschiedene Probenahmerichtlinien. Sie sollen gewährleisten, dass die Probe repräsentativ ist.

Aus einer Ladung von beispielsweise 20 Tonnen Mais wird eine Probe von mindestens 2,5 Kilogramm Maiskörnern zusammengestellt und zur Untersuchung an das Labor abgegeben (Laborprobe). Aus dieser Probe wird für die Untersuchung auf GVO-Anteile eine kleinere Untersuchungsprobe entnommen und gut vermahlen. Aus einem Teil des Mahlguts wird anschließend die Erbsubstanz isoliert (DNA-Extraktion), die für die eigentliche Nachweisuntersuchung verwendet wird.