Das BVL veröffentlicht geeignete Verfahren zur Probenahme und zum Nachweis von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) in der Amtlichen Sammlung von Untersuchungsverfahren (ASU) und trägt damit zu einem bundeseinheitlichen Standard beim Nachweis von gentechnischen Veränderungen bei. Weiterhin unterstützt es über das Europäische Netzwerk der GVO-Laboratorien (ENGL) die Arbeit des Europäischen Referenzlabors, das GVO-Nachweismethoden auf EU-Ebene prüft.

Bei einem GVO handelt es sich um einen Organismus, bei dem Modifikationen im Erbgut labortechnisch induziert wurden. Sie lassen sich am sichersten direkt auf der Ebene des Erbguts nachweisen. Die chemische Substanz des Erbguts ist Desoxyribonukleinsäure, kurz DNS bzw. DNA (gebräuchliche englische Abkürzung). DNA ist relativ unempfindlich und selbst nach einer Weiterverarbeitung des Organismus (z.B. der Pflanze) noch in vielen Endprodukten zu finden. Deshalb fußen die meisten Untersuchungsverfahren, die für den Nachweis von gentechnischen Veränderungen eingesetzt werden, auf einem Nachweis der veränderten DNA-Sequenz. Die derzeit gängigsten Analyseverfahren basieren noch immer auf der Polymerase-Kettenreaktion (PCR).
Welche Lebensmittel, Futtermittel oder Saatgut in welchem Umfang im Laufe eines Jahres kontrolliert werden, liegt in der Entscheidung der Länder. Die amtliche Überwachung auf Anteile gentechnisch veränderter Organismen (GVO) erfolgt risikobasiert. Anzahl und Ergebnisse der Kontrollen von Lebens- und Futtermitteln sowie Saatgut auf GVO-Anteile werden regelmäßig im Jahresbericht zum Mehrjährigen Nationalen Kontrollplan (MNKP) veröffentlicht.