Ziel einer Antibiotikatherapie ist es, eine bakterielle Infektion möglichst schnell und nebenwirkungsarm zu bekämpfen, indem die verursachenden Bakterien in ihrem Wachstum gehemmt oder abgetötet werden.

Die Wirkung von Antibiotika ist zum Teil sehr unterschiedlich. Es gibt Antibiotika, die das Wachstum der Bakterien hemmen (bakteriostatisch) und solche, die Bakterien zerstören (bakteriolytisch). Der Wirkort eines Antibiotikums kann zum Beispiel die Bakterienzellwand sein und diese zerstören. Andere Antibiotika greifen in den Eiweißstoffwechsel des Bakteriums ein und verhindern den Aufbau von Zellbestandteilen. Wieder andere können die Vermehrung der DNS oder die Produktion von deren grundlegenden Bausteinen stoppen. Die richtige Auswahl bei der Wirkungsweise ist dabei von sehr großer Bedeutung, da bestimmte Bakterienarten Toxine tragen, die bei der Zerstörung austreten und dadurch die Erkrankung verschlimmern können.