Die zwischen Bundesländern und Bundesbehörden abgestimmten Programme verfolgen unterschiedliche Ziele und werden entweder jährlich neu vereinbart oder gelten für mehrere Jahre, um Entwicklungen zu beobachten.

Die Programme sind entweder repräsentativ, d. h. sie untersuchen, in welchem Ausmaß Verbraucherinnen und Verbraucher unerwünschten Stoffen ausgesetzt sein könnten. Oder die Programme sind auf bestimmte Risiken, Vorfälle oder Ereignisse bezogen. Damit ist es möglich, ein Programm auch flexibel und kurzfristig zu erweitern.

Zum Beispiel gab es vor einiger Zeit den zufälligen Fund einer chemischen Substanz in Hühnereiern („Fipronil in Eiern“). Ein solches Vorkommnis führt dazu, dass die betroffenen Eier sofort zurückgerufen und vernichtet werden. Darüber hinaus werden Ställe, Futtermittel, Eier und Eiprodukte im Rahmen eines umgehend bundesweit aufgestellten Untersuchungsprogramms gezielt auf diese Substanz hin kontrolliert.

In die Planung der Programme sind weitere Bundesbehörden involviert, beispielsweise das Bundesinstitut für Risikobewertung. So fließen auch aktuelle wissenschaftliche Erkenntnisse ein.

Das Bundesamt für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (BVL) koordiniert als Bundesbehörde diese Kontrollprogramme in enger Zusammenarbeit mit den Bundesländern. Dazu gehört auch, die Ergebnisse der Untersuchungen zu sammeln, auszuwerten und die Daten in Form von Berichten zu veröffentlichen.