Das Einbringen von Fremdgenen in das Erbgut ist nur bei einem geringen Teil der zur Transformation eingesetzten Pflanzenzellen erfolgreich. Um diese wenigen Zellen identifizieren zu können (Selektion), wird neben dem gewünschten Zielgen meist ein sogenanntes Markergen (engl. to mark = markieren) eingebracht. Markergene kodieren für selektierbare Eigenschaften, wie z. B. Antibiotikaresistenz oder Herbizidtoleranz, bei denen nur die gentechnisch veränderten Pflanzenzellen den Einsatz des entsprechenden Antibiotikums oder Herbizids überstehen. Daneben gibt es eine Reihe von biochemischen Markergenen, wie z. B. das green fluorescent protein (GFP), welches die Pflanzenzellen unter bestimmten Lichtquellen grün leuchten lässt.

Nach der Selektion der erfolgreich gentechnisch veränderten Pflanzenzellen werden aus diesen wieder Pflanzen generiert. Die eingebrachten Markergene können auch wieder aus der Pflanze entfernt werden. Verbleiben sie in der Pflanze, müssen sie vor einer Freisetzung oder dem Inverkehrbringen einer umfangreichen Risikobewertung unterzogen werden. Die seit 2002 geltende EU-Freisetzungsrichtlinie sieht die „schrittweise Einstellung der Verwendung von Antibiotikaresistenzmarkern in GVO, die schädliche Auswirkungen auf die menschliche Gesundheit oder die Umwelt haben können“, vor.